論文

公開件数: 111 件
No. 掲載種別 単著・共著区分 タイトル 著者 誌名 出版者 巻号頁 出版日 ISSN DOI URL 概要
1 研究論文(学術雑誌)
共著
High Resolution Neutron Protein Crystallography. Hydrogen and Hydration in Proteins
N. Niimura, T. Chatake, A. Ostermann, K. Kurihara and I. Tanaka
Zeitschift Fur Kristallographie

218, 96-107
2003/02




2 研究論文(学術雑誌)
共著
Crystallization of a large single crystal of cubic insulin for neutron protein crystallography
M. Maeda, T. Chatake, I. Tanaka, A. Ostermann and N. Niimura
J. Synchr. Rad.

11, 41-44
2004/01




3 研究論文(学術雑誌)
共著
A new neutron single crystal diffractometer dedicated for biological macromolecules (BIX-4)
K. Kurihara, I. Tanaka, M. Refai-Muslih, A. Ostermann and N. Niimur
J. Synchr. Rad.

11, 68-71
2004/01




4 研究論文(学術雑誌)
共著
Hydration structures in proteins and neutron diffraction experiment on dissimilatory sulfite reductase D (DsrD)
T. Chatake, A. Ostermann, K. Kurihara, F. G. Parak, N. Mizuno, G. Voordouw, Y. Higuchi, I. Tanaka, N. Niimura
J. Synchr. Rad.

11, 72-75
2004/01




5 研究論文(国際会議プロシーディングス)
共著
Strategy and Performance of instrument suite for JSNS, J-PARC
M. Arai, I. Tanaka et. al.(第10著者、他12名)
ESS 03-136-M1

157-175
2003




6 研究論文(学術雑誌)
共著
Crystallization and preliminary neutron analysis of the dissimilatopry sulfite reductase D (DsrD) protein from the sulfate-reducing bacterium Desulfovibrio vulgaris
T. Chatake, N. Mizuno, G. Voordouw, Y. Higichi, S. Arai, I. Tanaka, N. Niimura
Acta Cryst. D

59, 2306-2309
2003/12




7 研究論文(国際会議プロシーディングス)
共著
Single Crystal Neutron Diffractometer for Biologically Important Materials Crystallography (BIX-P1)
I.Tanaka, T. Ozeki, T. Ohhara, K. Kurihara, N. Niimura
ESS 03-136-M1

321-330
2003/09




8 研究論文(国際会議プロシーディングス)
共著
Single Crystal Pulsed Neutron Diffractometer for Biologically Important Materials Crystallography No.1 (BIX-P1) at Material and Life Science Facility in J-PARC
I.TANAKA,T.OZEKI,T.OHHARA,K.KURIHARA,N.NIIMURA
Journal of Neutron Research

13/ 1-3, 49-54
2005/02




9 (MISC)総説・解説(その他)
共著
世界最高性能を誇る中性子回折装置
新村信雄、栗原和男、田中伊知朗
化学同人「化学」

59/ 2, 46-47
2004




10 研究論文(学術雑誌)
共著
A neutron crystallographic analysis of a rubredoxin mutant at 1.6 A resolution
Toshiyuki Chatake, Kazuo Kurihara, Ichiro Tanaka, Irina Tsyba, Robert Bau, Francis E. Jenney Jr., Michael W. W. Adams and Nobuo Niimura
Acta Cryst. D

60, 1364-1373
2004




11 研究論文(学術雑誌)
共著
Extraction of Hydrogen-Atom Positions in Polyethylene Crystal Lattice from Wide-Angle Neutron Diffraction Data Collected by a Two-Dimensional Imaging Plate System: Comparison with the X-ray and Electron Diffraction Results
K. Tashiro, I. Tanaka, T. Oohara, N. Niimura, S. Fujiwara and T. Kamae
Macromolecules

37/ 11, 4109-4117
2004




12 研究論文(学術雑誌)
共著
Neutron crystallographic study on rubredoxin from Pyrocuccus furiosus by BIX-3, a single-crystal diffractometer for biomacromolecules
K. Kurihara, I. Tanaka, T. Chatake, M. W. W. Adams, F. E. Jenny Jr., N. Moiseeva, R. Bau, N. Niimura
Proc. Natl. Acad. Sci. USA

101/ 31, 11215-11220
2004/08




13 研究論文(国際会議プロシーディングス)
単著
Neutron Protein Crystallography in JAERI
I. Tanaka
Pramana-J. Phys.

63/ 1
2004/07




14 研究論文(学術雑誌)
共著
中性子科学への招待(3)-中性子単結晶構造解析、生物回折計
栗原和男、田中伊知朗、新村信雄
日本結晶学会誌

46/ 3, 193-200
2004/06




15 研究論文(学術雑誌)
共著
イメージングプレートを利用した合成高分子の2次元中性子回折像測定ならびに水素原子位置の抽出:中性子、X線、電子線構造解析結果を比較して
田代孝二、田中伊知朗、大原高志、新村信雄、藤原悟、栗原和男、釜江俊也
日本中性子科学会誌「波紋」

14/ 2, 139-143
2004/04




16 研究論文(学術雑誌)
共著
Recent results on hydrogen and hydration in biology studied by neutron macromolecular crystallography
Nobuo Niimura, Shigeki Arai, Kazuo Kurihara, Toshiyuki Chatake, Ichiro Tanaka and Robert Bau
Cellular and Molecular Life Sciences

63, 285-300
2006/02




17 研究論文(学術雑誌)
共著
Neutron diffraction analysis of deuterium transfer in chiral β-thiolactam formation in the crystalline state
Takaaki Hosoya, Hidehiro Uesaka, Yuji Ohashi, Takashi Ohhara, Ichiro Tanaka and Nobuo Niimura
Acta Crystallographica B

62, 153-160
2006/01




18 (MISC)総説・解説(その他)
共著
中性子産業応用事例集
浅野肇ほか18名(50音順で第9著者)
茨城県企画部企画課


2006/01/31




19 研究論文(学術雑誌)
共著
Endohedral Clusterization of Ten Water Molecules into a "Molecular Ice" within the Hydrophobic Pocket of a Self-Assembled Cage
Yoshizawa, M., Kusukawa, T.;,Kawano, M., Ohhara, T., Tanaka, I., Kurihara, K., Niimura, N., Fujita, M.
J. Am. Chem. Soc.

127/ 9, 2798-2799
2005




20 (MISC)その他記事
共著
Hydrogen and Hydration in Proteins and Nucleic Acids.
Neutron Diffraction from Bio-macromolecules at JAERI
Nobuo Niimura, Shigeki Arai, Kazuo Kurihara, Toshiyuki Chatake, Ichiro Tanaka and Robert Bau
Hydrogen- and Hydration-Sensitive Structural Biology

17-35
2005/07



Eds. N. Niimura, H. Mizuno, J.R. Helliwell, E. Westhof, KubaPro Co.Ltd., Tokyo, Japan. ISBN=4-87805-061-6
21 研究論文(学術雑誌)
共著
Neutron Crystallographic Analysis Of The Z-DNA Hexamer CGCGCG
T. Chatake, I. Tanaka, H. Umino, S. Arai and N. Niimura
Acta Cryst. D

61, 1088-1098
2005/06




22 研究論文(学術雑誌)
共著
Complicated Water Orientations in the minor groove of B-DNA decamer d(CCATTAATGG)2 observed by Neutron Diffraction Measurements
Arai S., Chatake T., Ohhara T., Kurihara K., Tanaka I., Suzuki N., Fujimoto Z., Mizuno H. and Niimura N.
Nucleic Acids Res.

33/ 9, 3017-3024
2005/05




23 研究論文(学術雑誌)
単著
J-PARCにおける新型生体高分子回折計の建設状況と超高分解能X線解析との相補性について
田中伊知朗
日本中性子科学会誌「波紋」

17/ 1, 3-6
2007/01



J-PARCに建設中の生体高分子用パルス中性子式回折計の建設状況と水素原子が見えるということで最近注目されている超高分解能X線解析との相補性について述べている。新型回折計は順調に建設が進んでおり、既存の装置の100倍以上の測定効率を期待できる。また、X線ではプロトンは見えないのだから、この点で、十分相補的にデータを解釈することでより新しい生命科学の分野が開く可能性がある。
24 研究論文(学術雑誌)
共著
Peak overlapping and its de-convolution in TOF diffraction data from neutron biological diffractometer in J-PARC
K.Kusaka, T.Ohhara, I.Tanaka, N.Niimura, T.Ozeki, K.Kurihara, K.Aizawa, Y.Morii, M.Arai, K.Ebata, Y.Takan
Physica B

385-386, 1062-1065
2006/12



次世代中性子源であるJ-PARCにおいて建設中の茨城県生命物質構造解析装置のTOFデータにおいて、検出器生データ上でのピークの重なりの評価と重なったピークの分離を目指した手法を論じた。
25 研究論文(学術雑誌)
共著
Measurements of small organic molecules on the single crystal neutron diffractmeters for biomolecules at JAERI
T.Ohhara, K.Kurihara, T.Tamada, I.Tanaka, N.Niimura, R.Kuroki
Physica B

385-386, 1049-1051
2006/12



日本原子力研究所JRR-3に設置されている生体高分子用中性子回折計BIX-3およびBIX-4において、比較的小さな有機化合物の単結晶中性子構造解析における仕様、性能を述べるとともに、いくつかの解析例を紹介する。
26 (MISC)総説・解説(大学・研究所紀要)
共著
Crystallization Phase Diagram of α-amylase by a dialysis method
T. Ichige, Y. Ohnishi, I. Tanaka, N. Niimura
Proc. 2nd ISCIU, Ed Ibaraki Univ.

246-249
2006/10



酵素タンパク質として加水分解が機能であるαアミラーゼの反応機構を調べるための中性子実験を行うために、1mm立方を超える大型結晶が必要で、それを得るために透析法を用いて結晶相図を作成し、大型結晶を育成する準備が整った。
27 (MISC)総説・解説(大学・研究所紀要)
共著
Neutron Diffraction from Cubic Insulin at pD6 and 7
T. Ishikawa, Y. Ohnishi, I. Tanaka, N. Niimura
Proc. 2nd ISCIU, Ed Ibaraki Univ.

240-245
2006/10



ブタ由来の立方晶インスリン単結晶を用いて、pD6およびpD7の大型結晶を結晶相図と透析法を用いて調整し、中性子回折実験を行った。データ解析の結果、pD9のアルカリ環境の同試料の中性子解析と比べて、B鎖His5のプロトネーションが1つ多かったことなど、中性子でしか分からない生体高分子の生体内機能を左右するpHの差による構造情報が得られた。
28 (MISC)総説・解説(大学・研究所紀要)
共著
Growth of Large Single Crystals of Bovine β-Lactoglobulin A on the Basis of Phase Diagram and Characterization of Crystals
D. Yagi, Y. Ohnishi, I. Tanaka, N. Niimura
Proc. 2nd ISCIU, Ed Ibaraki Univ

234-239
2006/10



α-β構造転移が特徴的なタンパク質であるβ-ラクトグロブリンのfoldingの分子結合(主に水素結合)の様子を調べるために中性子構造解析が必要であるが、そのための結晶相図作成、それを用いた大型結晶育成および結晶品質評価を行った。
29 研究論文(国際会議プロシーディングス)
共著
Neutron Biological Diffractometer in J-PARC Proposed by Ibaraki Prefectural Government
I.Tanaka, N. Niimura, T. Ozeki, T. Ohhara, K. Kurihara、K. Kusaka, Y. Morii, K. Aizawa, M. Arai, T, Kasao, K. Ebata, Y. Takano
ICANS-XVII Proceedings, LA-UR-3904

III, 937-945
2006/06



J-PARCにおいて茨城県が出資する生体高分子用パルス中性子用回折計の建設が始まり、現在、その詳細設計を行っている。135Åまでの単位格子結晶で2mm角程度の結晶が使用できれば、年間100個程度の構造解析が可能となり、十分産業利用にも供することが期待される。この測定効率は、現存の高性能装置の100倍以上である。
30 研究論文(学術雑誌)
共著
新型生体高分子回折計(iBIX)の概要と化学・生命科学にもたらす新展開
田中伊知朗、日下勝弘、友寄克亮、新村信雄、大原高志、栗原和男、細谷孝明、尾関智二
日本結晶学会誌

50/ 1, 13-17
2008/02




31 研究論文(学術雑誌)
共著
Structural Refinement and Extraction of hydrogen Atomic Positions in Polyoxymethylene Crystal Based on the First Successful Measurements of 2-Dimensional High-Energy Synchrotron X-ray Diffraction and Wide-Angle Neutron Diffraction Patterns of Hydrogenated and Deuterated Species
Kohji Tashiro, Makoto Hasegawa, Takashi Ohhara, Tomoji Ozeki, Toshiaki Kitano, Takashi Nishu, Kazuo Kurihara, Taro Tamada, Ryota Kuroki, Satoru Fujiwara, Ichiro Tanaka, Nobuo Niimura
Polymer Journal

39/ 12, 1253-1273
2007/12




32 研究論文(学術雑誌)
共著
Protonation States of Buried Histidine Residues in Human Deoxyhemoglobin Revealed by Neutron Crystallography
Toshiyuki Chatake, Naoya Shibayama, Sam-Yong Park, Kazuo Kurihara, Taro Tamada, Ichiro Tanaka, Nobuo Niimura, Ryota Kuroki, Yukio Morimoto
Journal of American Chemical Society (JACS)

129, 14840-14841
2007/11




33 (MISC)総説・解説(学術雑誌)
単著
中性子構造生物学の現在と未来
田中伊知朗
日本結晶学会誌

51/ 1, 97
2009/02




34 研究論文(学術雑誌)
共著
Construction of Ibaraki Prefectural neutron spectrometers
M. Hayashi, T. Ishigaki, T. Kamiyama, Ichiro Tanaka
Nucl. Instr. Meth. A

600, 14-17
2009/02




35 研究論文(学術雑誌)
共著
Development of data processing software for a new TOF single crystal neutron diffractometer at J-PARC
T. Ohhara, K. Kusaka, T. Hosoya, K. Kurihara, K. Tomoyori, N. Niimura, Ichiro Tanaka, J. Suzuki, T. Nakatani, T. Otomo, S. Matsuoka, K. Tomita, Y. Nishimaki, T. Ajima, S. Ryufuku
Nucl. Instr. Meth. A

600, 195-197
2009/02




36 研究論文(学術雑誌)
共著
Overview of a New Biological Neutron Diffractometer (iBIX) in J-PARC
Ichiro Tanaka, Katsuhiro Kusaka, Katsuaki Tomoyori, Nobuo Niimura, Takashi Ohhara, Kazuo Kurihara, Takaaki Hosoya, Tomoji Ozeki
Nucl. Instr. Meth. A

600, 161-163
2009/02




37 研究論文(学術雑誌)
共著
Methyl group conformation and hydrogen bonds in proteins determined by neutron protein crystallography
Atsushi Yamaguchi, Kouji Shibata, Ichiro Tanaka, Nobuo Niimura
Nucl. Instr. Meth. A

600, 275-278
2009/02




38 (MISC)総説・解説(学術雑誌)
共著
IUCr2008サテライト会議「Symposium on Neutron Protein Crystallography」
田中伊知朗、玉田太郎
日本中性子科学会誌「波紋」

18, 244
2008/10




39 研究論文(学術雑誌)
共著
Abnormal pKa value of internal histidine of the insulin molecule revealed by neutron crystallographic analysis
Takuya Ishikawa, Toshiyuki Chatake, Yukio Morimoto, Mitsuru Maeda, Kazuo Kurihara, Ichiro Tanaka, Nobuo Niimura
Biochem. Biophys. Res. Comm.

376, 32-35
2008/09




40 (MISC)その他記事
共著
Application of neutron imaging plate system to crystal structure analysis of deuterated polymers
M. Hanesaka, K. Tashiro, Y. Yoshizawa, T. Kitano, T. Nishu, T. Ohhara, I. Tanaka, N. Niimura, K. Kurihara, R. Kuroki, T. Yamada, T. Tamada, S. Fujiwara, T. Ozeki
Acta Cryst. A

64/ C, 564-565
2008/08




41 (MISC)その他記事
共著
Dynamics phase transition of water cluster stabilized in molecular nanoporous crystal
M. Tadokoro, T. Ohhara, Y. Ohhata, R. Yonamine, I. Tanaka, K. Kurihara, O. Yamamuro, R. Kuroki
Acta Cryst. A

64/ C, 539
2008/08




42 (MISC)その他記事
共著
Neutron crystallography of 2Zn insulin
W. Iwai, T. Yamada, Y. Kobayashi, Y. Ohnishi, I. Tanaka, N. Niimura
Acta Cryst. A

64/ C, 372
2008/08




43 (MISC)その他記事
共著
The effect of deutererium oxide on hydration structure of proteinase K
T. Ishikawa, T. Chatake, , I. Tanaka, Y. Morimoto
Acta Cryst. A

64/ C, 372
2008/08




44 (MISC)その他記事
共著
Methyl group configuration and hydrogen bonds in proteins determined by neutron crystallography
K. Shibata, A. Yamaguchi, I. Tanaka, N. Niimura
Acta Cryst. A

64/ C, 371
2008/08




45 (MISC)その他記事
共著
Large single crystal growth and preliminary neutron diffraction analysis of Achromobacter protease I
Y. Ohnishi, T. Masaki, T. Yamada, K. Kurihara, I. Tanaka, N. Niimura
Acta Cryst. A

64/ C, 243
2008/08




46 (MISC)その他記事
共著
X-ray diffuse scattering from protein crystals causedby the lattice defects
K. Kawamura, N. Niimura, I. Tanaka, Y. Ohnishi, T. Yamada
Acta Cryst. A

64/ C, 242
2008/08




47 (MISC)その他記事
共著
Crystallization of serine proteases for neutron single crystal structure determination
T. Yamada, K. Kawamura, Y. Onishi, T. Ishikawa, K. Kusaka, I. Tanaka, N. Niimura
Acta Cryst. A

64/ C, 237-238
2008/08




48 (MISC)その他記事
共著
Development of data processing software for a TOF single crystal neutron diffractometer at J-PARC
T. Ohhara, K. Kusaka, T. Hosoya, K. Kurihara, K. Tomoyori, N. Niimura, I. Tanaka, J. Suzuki, T. Nakatani, T. Otomo, S. Matsuoka, K. Tomita, Y. NishimakiT. Ajima, S. Ryufuku
Acta Cryst. A

64/ C, 185-186
2008/08




49 (MISC)その他記事
共著
Optics and shielding of IBARAKI Biological Crystal Diffractometer (iBIX) in J-PARC
K. Kurihara, T. Ohhara, K. Kusaka, K. Nitta, T. Hosoya, K. Tomoyori, N. Niimura, I. Tanaka
Acta Cryst. A

64/ C, 185
2008/08




50 (MISC)その他記事
共著
Optimization of design parameters of IBARAKI Biological Crystal Diffractometer (iBIX) in J-PARC
K. Kusaka, T. Ohhara, K. Kurihara, I. Tanaka, T. Hosoya, K. Tomoyori, T. Ozeki, N. Niimura
Acta Cryst. A

64/ C, 184-185
2008/08




51 (MISC)その他記事
共著
A new biological neutron diffractometer (iBIX) in J-PARC
I. Tanaka, K. Kusaka, K. Tomoyori, N. Niimura, T. Ohhara, K. Kurihara, T. Hosoya, T. Ozeki
Acta Cryst. A

64/ C, 184
2008/08




52 (MISC)総説・解説(大学・研究所紀要)
単著
茨城県日立第一高等学校との高大連携講座
田中伊知朗
茨城大学工学部年報 2007年度版

233-234
2008/04



茨城県日立第一高等学校の1-2年生の生徒約20名に対して、工学部の窓口となって工学部教員の15コマ模擬授業を企画、調整、実行し、単位を授与したことの報告。
53 研究論文(学術雑誌)
共著
Crystallization and evaluation of hen egg-white lysozyme crystals for protein pH titration in the crystalline state
Wakari Iwai, Daichi Yagi, Takuya Ishikawa, Yuki Ohnishi, Ichiro Tanaka, Nobuo Niimura
Journal of Synchrotron Radiation

15, 312-315
2008/04




54 研究論文(学術雑誌)
共著
New sources and instrumentation for neutrons in biology
S.C.M. Teixeira, G. Zaccai, J. Ankner, M.C. Bellissent-Funel, R. Bewley, M.P. Blakeley, P. Callow, L. Coates, R. Dahint, R. Dalgliesh, N.A. Dencher, V.T. Forsyth, G. Fragneto, B. Frick, R. Gilles, T. Gutberlet, M. Haertlein, T. Hauß, W. Häußler, W.T. Heller, K. Herwig, O. Holderer, F. Juranyi, R. Kampmann, R. Knott, S. Kreuger, P. Langan, R.E. Lechner, G. Lynn, C. Majkrzak, R.P. May, F. Meilleur, Y. Mo, K. Mortensen, D.A.A. Myles, F. Natali, C. Neylon, N. Niimura, J. Ollivier, A. Ostermann, J. Peters, J. Pieper, A. Rühm, D. Schwahn, K. Shibata, A.K. Soper, Th. Straessle, J. Suzuki, I. Tanaka, M. Tehei, P. Timmins, N. Torikai, T. Unruh, V. Urban, R. Vavrin, K. Weiss
Chemical Physics

345, 133-151
2008/04




55 研究論文(学術雑誌)
共著
A neutron crystallographic analysis of a cubic porcine insulin at pD6.6
Takuya Ishikawa, Toshiyuki Chatake, Yuki Ohnishi, Ichiro Tanaka, Kazuo Kurihara, Ryota Kuroki, Nobuo Niimura
Chemical Physics

345, 152-158
2008/04




56 研究論文(学術雑誌)
共著
中性子解析で明らかにされたプロトン化が関わる生体反応
石川卓哉、田中伊知朗、新村信雄
日本中性子科学会誌「波紋」

18/ 2, 87-91
2008/04




57 研究論文(学術雑誌)
共著
BL03茨城県生命物質構造解析装置(iBIX)
田中伊知朗, 田中伊知朗, 日下勝弘, 細谷孝明, 大原高志, 栗原和男, 新村信雄
日本中性子科学会誌「波紋」

20/ 1, 16-20
2010/01



茨城県生命物質構造解析装置iBIXでの初めてのタンパク質測定等の報告および結晶体積および加速器出力の関数としての測定条件の概算
58 研究論文(学術雑誌)
共著
A neutron crystallographic analysis of T6 porcine insuline at 2.1 A resolution
W. Iwai, T. Yamada, K. Kurihara, Y. Ohnishi, Y. Kobayashi, I. Tanaka, H. Takahashi, R. Kuroki, T. Tamada, N. Niimura
Acta Cryst. D

65, 1042-1050
2009/09




59 研究論文(学術雑誌)
共著
A neutron crystallographic analysis of phosphate-free ribonuclease A at 1.7 A resolution
D. Yagi, T. Yamada, K. Kurihara, Y. Ohnishi, M. Yamashita, T. Tamada, I. Tanaka, R. Kuroki and N. Niimura
Acta Cryst. D

65, 892-899
2009/08




60 研究論文(学術雑誌)
単著
生物用単結晶構造解析装置
田中伊知朗
日本金属学会誌「まてりあ」

48/ 7, 369-371
2009/07




61 研究論文(学術雑誌)
共著
X-ray and neutron protein crystallographic analysis of the trypsin-BPTI complex
K. Kawamura, T. Yamada, K. Kurihara, T. Tamada, R. Kuroki, I. Tanaka, H. Takahashi and N. Niimura
Acta Cryst. D

67, 140-148
2011/03




62 研究論文(学術雑誌)
共著
茨城県生命物質構造解析装置(iBIX)による水素・水和水の構造研究/産業利用
田中伊知朗, 日下勝弘, 細谷孝明, 大原高志, 栗原和男, 新村信雄,山田太郎,友寄克亮,横山武司,大西裕季,大隅孝志,内田裕久,鈴木榮一郎,柏木立己,宮本晃男,古川保典,吉村政志,河村貴宏
RADIOISOTOPES

60/ 2, 89-97
2011/02




63 研究論文(学術雑誌)
共著
供用を開始したJ-PARCの新しい生物用中性子回折装置(iBIX)
田中伊知朗, 日下勝弘,細谷孝明, 大原高志, 栗原和男, 新村信雄
薬学雑誌

130/ 5, 665-670
2010




64 研究論文(国際会議プロシーディングス)

A preliminary neutron crystallography on the trypsin-bovine pancreatic trypsin inhibitor complex
K. Kawamura, T. Yamada, K. Kurihara, T. Tamada, R. Kuroki, I. Tanaka, N. Niimura
Journal of Physics: Conference Series

012033
2010/12




65 研究論文(国際会議プロシーディングス)

A preliminary neutron diffraction analysis of Achromobacter protease I
Yuki Ohnishi, Takeharu Masaki, Taro Yamada, Kazuo Kurihara, Ichiro Tanaka, Nobuo Niimura
Journal of Physics: Conference Series

012032
2010/12




66 研究論文(国際会議プロシーディングス)

Current Status of IBARAKI Biological Crystal Diffractometer iBIX - Several Examples of the Measurement
Katsuhiro Kusaka, Ichiro Tanaka, Takaaki Hosoya, Kazuo Kurihara, Takashi Ohhara, Nobuo Niimura
Journal of Physics: Conference Series

012031
2010/12




67 研究論文(国際会議プロシーディングス)

Crystallization Phase Diagram, the Growth of Large Single Crystals of Bovine alpha-Lactoglobulin
D. Yagi, Y. Ohnishi, I. Tanaka, N. Niimura
Journal of Physics: Conference Series

012030
2010/12




68 研究論文(学術雑誌)
共著
Neutron Structure Analysis by IBARAKI Biological Crystal Diffractometer (iBIX) in J-PARC
Ichiro Tanaka, Katsuhiro Kusaka, Takaaki Hosoya, Nobuo Niimura, Takashi Ohhara, Kazuo Kurihara, Taro Yamada, Yuki Ohnishi, Katsuaki Tomoyoria and Takeshi Yokoyama
Acta Cryst. D

66, 1194-1197
2010/09




69 研究論文(学術雑誌)
共著
Hydrogen-bond network and pH sensitivity in transthyretin: Neutron crystalstructure of human transthyretin
Takeshi Yokoyama, Mineyuki Mizuguchi, Yuko Nabeshima, Katsuhiro Kusaka, Taro Yamada, Takaaki Hosoya, Takashi Ohhara, Kazuo Kurihara, Katsuaki Tomoyori, Ichiro Tanaka, Nobuo Niimura
J. Struct. Biol.

177/ 2, 283–290
2012/02
1047-8477



70 研究論文(学術雑誌)
共著
High-resolution X-ray study of the effects of deuteration on crystal growth and the crystal structure of proteinase K
Toshiyuki Chatake,Takuya Ishikawa,Yasuhide Yanagisawa,Taro Yamada,Ichiro Tanaka,Satoru Fujiwara and Yukio Morimoro
Acta Cryst. F

67, 1334-1338
2011/11




71 (MISC)その他記事
共著
The first neutron structure analysis of protein with ibix in j-parc
Katsuhiro Kusaka,a Taro Yamada,a Takaaki Hosoya,a Takashi
Ohhara,b,c Kazuo Kurihara,d Katsuaki Tomoyori,a Takeshi Yokoyama, Ichiro Tanaka,a and Nobuo Niimura
Acta Cryst. A

67/ C, 734-735
2011/08




72 (MISC)その他記事
共著
Overview of the IBARAKI biological crystal diffractometer
(iBIX) at J-PARC
Ichiro Tanaka,a,b Katsuhiro Kusaka,b Takaaki Hosoya,a,b Kurihara Kazuo,c Takashi Ohhara,c,d Taro Yamada,b Katsuaki Tomoyori, Takeshi Yokoyama,b Nobuo Niimura
Acta Cryst. A

67/ C, 732-733
2011/08




73 (MISC)その他記事
共著
Proton polarization technique for neutron protein crystallography (NPC)
N.Niimura, T.Chatake, I.Tanaka, K.Kusaka
Acta Cryst. A

67/ C, 732
2011/08




74 (MISC)その他記事
共著
Crystal structure of C4H8ONH2-PbBr3 by neutron and X-ray
diffraction experiments
Takuro Kawasaki,a Kota Takano,b Miwako Takahashi,b Takashi
Ohhara,a,c Ken-ichi Ohshima,b Katsuhiro Kusaka,d Ichiro Tanaka, Taro Yamada,d Takaaki Hosoya,d Kazuo Kurihara,a Nobuo Niimura
Acta Cryst. A

67/ C, 730-731
2011/08




75 (MISC)その他記事
共著
Developments for Upgrades of 2-Dimension Scintillator Detector System, Data Acquisition Electronics and Software for J-PARC
Takaaki Hosoya,a,b Tatsuya Nakamura,c Masaki Katagiri,b Masumi Ebine,d Atsuhi Birumachi,d Katsuhiro Kusaka,b Katsuaki Tomoyori,b
Taro Yamada,b Takeshi Yokoyama,b Takashi Ohhara,c,e Kazuo
Kurihara,c Nobuo Niimura,b Ichiro Tanaka,a,b and Kazuhiko Soyama
Acta Cryst. A

67/ C, 653
2011/08




76 (MISC)その他記事
共著
Preliminary neutron crystallographic study of mutant Transthyretin
Takeshi Yokoyama, Yuko Nabeshima, Takaaki Hosoya, Takashi Ohhara, Kazuo Kurihara, Katsuhiro Kusaka, Mineyuki Mizuguchi, Ichiro Tanaka, Nobuo Niimura
Acta Cryst. A

67/ C, 300-301
2011/08




77 (MISC)総説・解説(大学・研究所紀要)
共著
X-ray/neutron joint refinements of Serine Proteases
Taro YAMADA, Kenji KAWAMURA, Yuki OHNISHI, Takeshi YOKOYAMA, Ichiro TANAKA, Kazuo KURIHARA, Taro TAMADA, Ryota KUROKI, Nobuo NIIMURA
Photon Factory Activity Report 2010 #28 Part B

299
2012




78 研究論文(学術雑誌)
共著
Quaternary structure, aggregation and cytotoxicity of transthyretin
M. Mizuguchi, T. Yokoyama, Y. Nabeshima, K. Kawano, I. Tanaka, N. Niimura
Amyloid

19, 5-7
2012



アミロイド病の原因タンパク質であるトランスサイレチンの中性子解析の結果から創薬への応用の可能性を論じた。企画、実験、議論の一部を担当。
79 研究論文(学術雑誌)
共著
Structure of Morpholinium Tribromoplumbate C4H8ONH2PbBr3
Studied Using Single-Crystal Neutron Diffraction
Takuro KAWASAKI, Miwako TAKAHASHI, Takashi OHHARA, Ichiro TANAKA, Katsuhiro KUSAKA, Takaaki HOSOYA, Taro YAMADA, and Kazuo KURIHARA
J. Phys. Soc. Jpn.

81, 094602(1-6)
2012/08



J-PARCのiBIXを用いて、鉛や臭素などの重原子を含む有機分子の水素原子の位置や温度因子を正確に決めることができた。企画、実験、執筆の一部を担当。
80 (MISC)その他記事
共著
iBIXを利用したアミロイド性タンパク質の中性子結晶構造解析
横山武司,水口峰之、田中伊知朗, 新村信雄
中性子産業利用推進協議会 季報「四季」Vol.15(2012)6-7

15, 6-7
2012/06



J-PARCの生体高分子結晶構造解析装置iBIXにて実験、解析したアミロイド病因タンパク質トランスサイレチンのpH感受性と病気の引き金の関係について記述し、創薬への可能性として、計算機実験についても紹介した。
81 (MISC)その他記事
単著
「J-PARCの復活」 -中性子科学の現状 -
田中伊知朗
ATI news

13, 4-7
2012/06



東日本大震災のあと、関係者の懸命な努力の末、同年12月にビーム運転を開始できたJ-PARCの震災直後からの報告と、J-PARC建設秘話、および最近の茨城県ビームラインの成果についての紹介。
82 (MISC)総説・解説(大学・研究所紀要)
共著
Death-associated protein kinase and ATP analogues complex crystallization phase diagram for neutron crystallography
Atsushi Yamaguchi, Nobuo Niimura, Taro Yamada, Ichiro Tanaka
Photon Factory Activity Report 2012 #30 B

347
2013



中性子回折実験に向けたDAPKタンパク質のATPアナログ複合体の結晶化相図依存の結晶品ひつ評価を行った。
83 (MISC)総説・解説(学術雑誌)
共著
入門講座「中性子生物」(8)生体分子の中性子単結晶回折(第二回)タンパク質中性子結晶構造解析のための試料作成、回折計、測定およびデータ処理
田中伊知朗、日下勝弘
日本中性子科学会誌「波紋」

23/ 4, 288-293
2013/11




84 研究論文(学術雑誌)
共著
Evaluation of performance for IBARAKI biological crystal diffractometer iBIX with new detectors
Kusaka, K., Hosoya, T., Yamada, T., Tomoyori, K., Ohhara, T., Katagiri, M., Kurihara, K., Tanaka, I., Niimura, N.
J. Synchrotron Rad.

20, 994-998
2013/10




85 研究論文(学術雑誌)
共著
Phase-diagram-guided method for growth of a large crystal of glycoside hydrolase family 45 inverting cellulase suitable for neutron structural analysis
Akihiko Nakamura, Takuya Ishida, Shinya Fushinobu, Katsuhiro Kusaka,
Ichiro Tanaka, Koji Inaka, Yoshiki Higuchi, Mika Masaki, Kazunori Ohta,
Satoshi Kaneko, Nobuo Niimura, Kiyohiko Igarashi* and Masahiro Samajima
J. Synchrotron Rad.

20, 859-863
2013/10




86 研究論文(学術雑誌)
共著
Hydrogen-bond network and pH sensitivity in human transthyretin
Takeshi Yokoyama*, Mineyuki Mizuguchi, Yuko Nabeshima, Katsuhiro Kusaka,
Taro Yamada, Takaaki Hosoya, Takashi Ohhara, Kazuo Kurihara,
Ichiro Tanaka, and Nobuo Niimura
J. Synchrotron Rad.

20, 834-837
2013/10




87 研究論文(学術雑誌)
共著
Fundamental studies for the proton polarization technique in
neutron protein crystallography
Ichiro Tanaka, Katsuhiro Kusaka, Toshiyuki Chatake and Nobuo Niimura
J. Synchrotron Rad.

20, 958–961
2013/10



生体高分子の水素位置観測のための高感度化に向けて、中性子核偏極回折実験を実現するための大型タンパク質単結晶凍結法の開発とラジカル分子導入とその定量を行い、生体高分子単結晶試料の核偏極への基礎的な段階をクリアした。企画、実験、議論を主体的に進めた。
88 研究論文(学術雑誌)
共著
Profile functions to reproduce Bragg reflection shapes observed by a time-of-flight single-crystal diffractometer installed at a coupled moderator pulsed neutron source in J-PARC
K. Tomoyori, K. Kusaka, T. Yamada, T. Hosoya, T. Ohhara, K. Kurihara, I. Tanaka, M. Katagiri, N. Niimura
Nuclear Instruments and Methods in Physics Research A

723, 128–135
2013/08



パルス中性子源J-PARCに設置された生体高分子回折装置iBIXのブラッグ反射のTOF方向の反射の重なりを評価するために、結合型減速材のパルス形状から、試料単結晶のブラッグ反射プロファイルの再現を計算で実現し、観測値と良く一致させることができた。企画、実験、議論の一部を担当。
89 (MISC)総説・解説(学術雑誌)
共著
トランスサイレチンにおける水素ネットワークとpH感受性
横山武司,水口峰之、日下勝弘, 田中伊知朗,新村信雄
日本中性子科学会誌「波紋」

23/ 2, 142-145
2013/05



J-PARCの生体高分子結晶構造解析装置iBIXにて実験、解析したアミロイド病因タンパク質トランスサイレチンのpH感受性と病気の引き金の関係について記述した。
90 研究論文(学術雑誌)
共著
Neutron and X-ray crystallographic analysis of Achromobacter protease I at pD 8.0: Protonation states and hydration structure in the free-form
Yuki Ohnishi, Taro Yamada, Kazuo Kurihara, Ichiro Tanaka, Fumio Sakiyama, Takeharu Masaki, Nobuo Niimura
Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics

1834, 1642–1647
2013/05



リシン部位でタンパク質を特異的に加水分解するセリンプロテアーゼAPIの基質フリーでのpD8での中性子結晶構造解析より、基質切断部位のプロトネーションの特徴が判明した。企画、実験、議論の一部を担当
91 研究論文(学術雑誌)
共著
Neutron and X-ray crystallographic analysis of the human α-thrombin–bivalirudin complex at pD 5.0: Protonation states and hydration structure of the enzyme–product complex
Taro Yamada, Kazuo Kurihara, Yuki Ohnishi, Taro Tamada, Katsuaki Tomoyori, Kenji Masumi, Ichiro Tanaka, Ryota Kuroki, Nobuo Niimura
Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics

1834, 1532-1538
2013/05/25



凝血作用のあり、脳血栓防止剤のターゲットタンパク質ヒトトロンビンに、阻害剤のビバリルジンを結合させた複合体の中性子結晶構造解析を行い、基質が切れた状態のセリンプロテアーゼの加水分解機構を考察した。企画、実験、議論の一部を担当。
92 (MISC)総説・解説(大学・研究所紀要)
共著
中性子回折計の標準タンパク質結晶探索に向けた単斜晶リゾチームのX線解析沈殿剤としたリゾチームタンパク質のヨウ素配位
小林政義, 田中伊知朗
Photon Factory Activity Report 2013 #31(2014) B

458
2014



単斜晶系リゾチームタンパク質にヨウ素が数多く配位し、かつ高分解能データとなる条件を見出し、その詳細な構造解析からヨウ素の体内代謝のモデル系を提示できた。
93 研究論文(学術雑誌)
共著
広角X線回折および広角中性子回折に基づく高分子結晶構造の精密解析
田代孝二, 塙坂 真, 山元博子, Kaewkan Wasanasuk, Paramita Jayaratri, 吉澤功徳, 田中伊知朗, 新村信雄, 日下勝弘, 細谷孝明, 大原高志, 栗原和男, 黒木良太, 玉田太郎, 藤原 悟, 勝部勝義, 森川佳介, 古宮行淳, 北野利明, 二宗 隆, 尾関智二
高分子論文集

71/ 11, 508—526
2014/11



原子炉及びパルス中性子を用いてポリマーの構造機能相関に関する水素原子位置の影響を初めて考察した。
94 研究論文(学術雑誌)
共著
Crystallization and preliminary neutron diffraction experiment of human
farnesyl pyrophosphate synthase complexed with risedronate
Takeshi Yokoyama*, Andreas Ostermann, Mineyuki Mizuguchi, Nobuo Niimura
, Tobias E. Schraderand Ichiro Tanaka
Acta Cryst. F

70, 470-472
2014/05



薬剤開発に向けた骨粗しょう症原因タンパク質と既存の薬剤との複合体の中性子結晶構造解析をドイツの原子炉中性子とJ-PARC iBIXによるパルス中性子によって行った。
95 研究論文(学術雑誌)
共著
トランスサイレチンの中性子結晶構造解析で明らかにする水素結合ネットワークとpH感受性
横山武司,水口峰之、日下勝弘,田中伊知朗,新村信雄
日本結晶学会誌

56, 129-132
2014/04



アミロイド病の原因となるタンパク質の中性子結晶構造解析を基に、薬品設計にまで応用ができることを示した。
96 研究論文(国際会議プロシーディングス)
共著
Visualization of the electron transfer associated with biochemical reaction process by the ultra-slow muon
Nobuo NIIMURA*, Ichiro TANAKA and Masayoshi KOBAYASHI
JPS Conference Proc.

2, 010311(5)
2014/04



酵素と基質の反応時におけるプロトンおよび電子移動がミュオン分光による磁場観測可能性を示した。
97 (MISC)総説・解説(大学・研究所紀要)
単著
平成25年度卒業・修了予定者就職情報 生体分子機能工学科

茨城大学工学部後援会会報平成26年3月

42, 6
2014/02



工学部生体分子機能工学科の学年担任として、卒研生の2013年11月末現在の就職状況を報告した。
98 (MISC)総説・解説(大学・研究所紀要)
共著
X-Ray Structure Analyses of the Complexes of Kinase Protein DAPK and 2 Kinds of ATP-Analog (Japanese)
MATSUO Yuhei, TANAKA Ichiro
Photon Factory Activity Report 2014 #32(2015) B

321
2015



2つのATP類似体とDAPKキナーゼタンパク質の複合体の相互作用をX線結晶構造解析で明らかにした。
99 (MISC)総説・解説(大学・研究所紀要)
共著
X-Ray Structure Analyses and Preliminary ESR Experiments of Lysozyme Crystal Induced by TEMPOL towards Neutron Protein Crystallography with Nuclear Polarization Technique (Japanese)
KOMATSUZAKI Naoya, TANAKA Ichiro
Photon Factory Activity Report 2014 #32(2015) B

320
2015



動的核偏極による高感度水素検出を目指した中性子解析のために単結晶にラジカル分子を導入し、その結晶構造に対する効果の評価とラジカル数の定量をESRを用いて示した。
100 研究論文(国際会議プロシーディングス)
共著
ATP Binding and Hydration State Analyses of DAPK: Steps toward Neutron Protein Crystallography Studies
Atsushi YAMAGUCHI, Nobuo NIIMURA, Shigeyoshi NAKAMURA, Shun-ichi KIDOKORO, Toshiyuki CHATAKE, Takeshi YOKOYAMA, and Ichiro TANAKA
JPS Conference Proc.

8, 033008 (1-6)
2015/09



DAPKタンパク質のApo体のX線結晶構造解析、中性子解析に向けた2つのpH条件下での結晶化相図作成、さらにはDAPKの基質アナログであるADPやATPγSとの結合に関する相互作用を測定するITC観測を行い、結晶構造とITCではADPにおいて様式が異なる可能性が示唆された。
101 研究論文(国際会議プロシーディングス)
共著
Towards Direct Observation of Electron and Proton Transfers Due to Enzymatic Reaction in Trypsin by μSR
Masayoshi KOBAYASHI, Ichiro TANAKA*, Tamiko KIYOTANI, and Nobuo NIIMURA
JPS Conference Proc.

8, 033006 (1-4)
2015/09



J-PARC MLFのミュオンビームを用いて観測を計画している、タンパク質酵素反応におけるプロトン移動に伴う微小磁場の大きさの計算を行い0.1mT程度であり、十分観測可能な量であることを示した。
102 研究論文(学術雑誌)
共著
Protonation State and Hydration of Bisphosphonate Bound to
Farnesyl Pyrophosphate Synthase
Takeshi Yokoyama, Mineyuki Mizuguchi, Andreas Ostermann, Katsuhiro Kusaka, Nobuo Niimura, Tabias E. Schrader, and Ichiro Tanaka
J. Med. Chem.

58, 7549−7556
2015/09



骨粗しょう症原因タンパク質と既存の薬剤との複合体の、J-PARC iBIXによる中性子結晶構造解析を行うことにより、薬剤のリン酸基がすべてでプロトネーションしていたことがわかり、今後の薬剤開発に有用な情報を得られた。
103 研究論文(学術雑誌)
共著
“Newton’s cradle” proton relay with amide–imidic acid tautomerization in inverting cellulase visualized by neutron crystallography
Akihiko Nakamura, Takuya Ishida, Katsuhiro Kusaka, Taro Yamada, Shinya Fushinobu, Ichiro Tanaka, Satoshi Kaneko, Kazunori Ohta, Hiroaki Tanaka, Koji Inaka, Yoshiki Higuchi, Nobuo Niimura, Masahiro Samejima, Kiyohiko Igarashi
Sci. Adv.

1, e1500263(1-7)
2015/08



きのこのセルロース分解酵素であるセルラーゼの基質があるときとないときの両方の中性子結晶構造解析を行うことにより、活性部位のAsnが通常のアミド型ではなく、イミド酸型であり、プロトンを供給することにより加水分解を行うことが判明した。また、この変化が、カチカチ玉のような分子内プロトン移動によって引き起こされることも考察できた。
104 研究論文(学術雑誌)
共著
Insights into the Proton Transfer Mechanism of a Bilin Reductase PcyA Following Neutron Crystallography
Masaki Unno, Kumiko Ishikawa-Suto, Katsuhiro Kusaka, Taro Tamada, Yoshinori Hagiwara, Masakazu Sugishima, Kei Wada, Taro Yamada, Katsuaki Tomoyori, Takaaki Hosoya, Ichiro Tanaka, Nobuo Niimura, Ryota Kuroki, Koji Inaka, Makiko Ishihara and Keiichi Fukuyama
J. Am. Chem. Soc.

137/ 16, 5452-5460
2015/04



光合成色素合成酵素Bilin Reductase PcyAと色素原料の複合体の中性子結晶構造解析により、基質材料が2つのこうぞうを取っていることがわかり、プロトネーションの様子も判明した。また、X線損傷のないありのままの構造を捉えることができ、ヒドロニウムイオンも発見できた。
105 研究論文(学術雑誌)
共著
Application of profile fitting method to neutron time-of-flight protein single crystal diffraction data collected at the iBIX
Naomine Yano, Taro Yamada, Takaaki Hosoya, Takashi Ohhara, Ichiro Tanaka & Katsuhiro Kusaka
Scientific Reports
Nature Publishing Group, Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature
6/ 36628, 1-9
2016/12/01

10.1038/srep36628

タンパク質単結晶のパルス中性子回折において、回折斑点強度をより高精度に決定するプロファイルフィッティング法を実用化することに成功した。
106 研究論文(学術雑誌)
共著
中性子/X線結晶構造解析によって明らかとなった反転型セルロース加水分解酵素のプロトン伝達経路を含んだ反応機構
中村彰彦、石田卓也、日下勝弘、田中伊知朗、新村信雄、鮫島正浩、五十嵐圭日子
日本中性子科学会誌「波紋」

26/ 3, 139-142
2016/10




107 研究論文(大学,研究機関紀要)
単著
ORNL Tours 報告
田中伊知朗
169th Committee on Diffraction Struct. Biol. News Letter

10-3/ 35, 5-6
2016/10




108 研究論文(大学,研究機関紀要)
共著
Development of Experimental Techniques for Neutron Biology
T. Chatake, S. Fujiwara, Y. Yanagisawa, I. Tanaka
KUR Pregrss Rep.

CO6-4, 93-93
2016/07




109 研究論文(学術雑誌)
共著
中性子/X線複合構造解析で酵素触媒反応におけるプロトンリレーを可視化する
中村彰彦,石田卓也,日下勝弘,山田太郎,田中伊知朗,新村信雄,鮫島正浩,五十嵐圭日子
生物物理学会誌

56/ 3, 171-173
2016/06




110 (MISC)総説・解説(大学・研究所紀要)
共著
副作用の少ない骨粗しょう症薬剤の開発につながる新たな知見
( 茨城県中性子ビームライン)
横山武司、田中伊知朗、日下勝弘
J-PARC NEWS HP版
日本原子力研究開発機構・高エネルギー加速器研究機構
J−PARCセンター
132
2016/04/28


URL

111 (MISC)総説・解説(大学・研究所紀要)
共著
副作用の少ない骨粗しょう症薬剤の開発につながる新たな知見
( 茨城県中性子ビームライン)
横山武司、田中伊知朗、日下勝弘
J-PARC NEWS
日本原子力研究開発機構・高エネルギー加速器研究機構
J−PARCセンター
132, 1-1
2016/04/28