茨城大学
フロンティア応用原子科学研究センター

准教授

山田 太郎

ヤマダ タロウ
YAMADA taro

学位

  1. 博士(理学) 東京工業大学 1998/03

研究分野

  1. 構造生物化学

研究キーワード

  1. 中性子構造生物学

論文

  1. 研究論文(学術雑誌) 共著 Single-crystal time-of-flight neutron Laue methods: application to manganese catalase from Thermus thermophilus HB27. Taro Yamada, Yano Naomine, Hosoya Takaaki, Kusaka Katsuhiro Journal of Applied Crystallography IUCr 52/ 5, 972-983 2019/10
  2. 研究論文(学術雑誌) 共著 Status of the neutron time-of-flight single-crystal diffraction data-processing software STARGazer. Yano, N., Yamada, T., Hosoya, T., Ohhara, T., Tanaka, I., Niimura, Kusaka, K. Acta Crystallogr. D Struct. Biol. IUCr 74/ 11, 1041-1052 2018/11
  3. 共著 Materials and Life Science Experimental Facility (MLF) at the Japan Proton Accelerator Research Complex II: Neutron Scattering Instruments Kenji Nakajima et al. Quantum Beam Sci. MDPI 2017/ 1, 9 2017/12
  4. 研究論文(学術雑誌) 共著 Application of profile fitting method to neutron time-of-flight protein single crystal diffraction data collected at the iBIX Yano, N., Yamada, T., Hosoya, T., Ohhara, T., Tanaka, I., Kusaka, K. Scientific Reports Nature Publishing Group 6/ 36228, 1-9 2016/12
  5. 研究論文(学術雑誌) 共著 "Newton's cradle" proton relay with amide-imidic acid tautomerization in inverting cellulase visualized by neutron crystallography Nakamura, A., Ishida, T., Kusaka, K., Yamada, T., Fushinobu, S., Tanaka, I., Kaneko, S., Ohta, K., Tanaka, H., Inaka, K., Higuchi, Y., Niimura, N., Samejima, M., Igarashi Science Advance 1/ 7, e1500263 2015/08/21

研究発表

  1. 口頭発表(一般) Neutron protein crystallography in Ibaraki University 中性子構造生物研究会 2010/01/27
  2. 口頭発表(一般) 水素原子と水和構造を主眼に置いたタンパク質構造解析 茨城大学フロンティア応用原子科学研究センター 平成21年度活動報告会 2009/12/24  タンパク質の性質を議論する上で、水素原子の存在は重要である。しかしながら、それを観測するための手段は限られているため、推論をもとに議論されることも多い。X線構造解析は非水素原子の位置を決定することにおいては威力を発揮するが、水素原子に関しては観測することが非常に難しい。それは水素原子は電子を一つしか持たないたいためにX線の散乱能が小さいことによる。酵素反応では陽子が移動する反応が多いが,陽子は電子を一つも持たないため,X線で観測することは不可能である。それに対し、中性子は原子核によって散乱を受けるために,陽子や水素原子などの軽元素を観測するのに都合が良い。中性子源はX線源に比べて強度が小さいという弱点があるが,現在稼働が始まっているJ-PARCの出力の向上に期待がかかっている。およそ全ての生体内の反応は水溶液中でおこなわれおり,タンパク質の構造の安定性や、酵素反応の機構を議論する上で,タンパク質中の水分子や周りの水和水の影響は無視出来ない。中性子回折を用いた構造解析により,これまでのX線構造解析では観測が難しかった水和水の構造についても観測ができるようになり、違った観点からタンパク質の構造が見直されるものと思われる。今回は,これまでに県BL部門生体系グループで行われたタンパク質構造解析を例に挙げて,中性子回折による単結晶構造解析で何ができるのかを紹介する。
  3. ポスター発表 トロンビン-ビバリルジン複合体のX線・中性子結晶構造解析 日本中性子科学会第9回年会 2009/12/10
  4. 口頭発表(一般) Neutron crystallographic analysis of T6-Insulin and trypsin-BPTI complex Neutron in Biology 2009/10/27 Neutron crystallographic analysis of T6-Insulin and trypsin-BTPI complex were reported.
  5. ポスター発表 ウシ膵臓由来RNase Aの中性子結晶構造解析 日本中性子科学会第8回年会 2008/12/02 ウシRNaseAの中性子構造解析と反応性に関する発表